Corona in Dithmarschen: Unterschied zwischen den Versionen

Version vom 21. Januar 2022, 19:48 Uhr

Lizenz: CC BY 4.0

DOI: 10.21203/rs.3.rs-885194/v1 Figure 1 (unverändert)

Autors: Zhiqiang Wu, Yelin Han, Yuyang Wang, Bo Liu, Lamei Zhao, Junpeng Zhang, Hao-Xiang Su, Wenliang Zhao, Liguo Liu, Shibin Bai, Jie Dong, Lilian Sun, Yafang Zhu, Siyu Zhou, Yiping Song, Hongtao Sui, Jian Yang, Jianwei Wang, Shuyi Zhang, Zhaohui Qian, Qi Jin

Corona ist nicht nur eine heilige Schutzpatronin die uns vor Seuchen schützt, sondern auch eine hochansteckende Krankheit die manchmal tödlich endet.

Es gibt auch andere Sichtweisen:

[1] Corona Ausschuss [2] Kritischer Journalismus. Ohne "Haltung". Ohne Belehrung. Ohne Ideologie.

In einer Pandemie ist es hilfreich zwischen Fakten und Meinungen zu unterscheiden. Wenn ich mich krank fühle gehe ich zum Arzt und frage nicht einen Journalisten oder eine Anwältin ob meine Krankheit wirklich gefährlich ist.

Bitte beachten Sie die Allgemeinverfügungen vom Kreis Dithmarschen.

Aktueller Stand:

• Es ist immer noch nicht gelungen die Herkunft aus einem Labor zu beweisen.
• Die nächsten Verwandten von Corona kommen aus Laos. DOI:10.21203/rs.3.rs-871965/v1
• Die Schnittstelle der 3C-ähnlichen Proteinase (nsp5) sieht so aus: [ILMVF]-Q-|-[SGACN]. Quelle UniProtKB - P0C6U8 Die eckigen Klammern bedeuten eine der aufgezählten Aminosäuren muss vorhanden sein. Der Strich markiert die Schnittstelle. Es werden also 3 Aminosäuren benötigt um eine Schnittstelle zu identifizieren.

7-Tages-Inzidenz

Die 7-Tages-Inzidenz für den Kreis Dithmarschen beträgt: 615,38/100.000 pro Woche (Stand: 14.01.2022)

Im Vergleich zur Vorwoche ist die Inzidenz um 22,7% gefallen.

Neuer Tagesrekord am 06.01.2022: 349

Neuer Inzidenz-Rekord am 12.01.2022: 831,51

Die Neuinfektionen der letzten 7 Tage betragen 55+175+56+148+167+118+101=820. Die 820 Neuinfektionen werden durch die Einwohnerzahl geteilt. Anschließend wird das Ganze noch mit 100.000 multipliziert. (Einige Summanden sind derzeit fehlerhaft.)

Basierend auf der Einwohnerzahl vom 31.12.2020: 133.251

Hinweis zu Zahlen die sich auf Krankenhäuser beziehen

Der Kreis Dithmarschen und Boyens Medien verraten uns täglich wie viele Dithmarscher sich im Krankenhaus befinden. Die gesamte Anzahl an Covid-Patienten ist meistens größer, da auch Patienten aus anderen Kreisen und Bundesländern in Dithmarschen behandelt werden.

Die Zahlen vom Divi-Intensivbetten-Register beziehen sich auf Krankenhäuser. Das heißt wir wissen nicht wie viele davon Dithmarscher sind.

Chronologie

Ist ein Testergebnis positiv so wird dieses an das Kreisgesundheitsamt weiter geleitet. Der Kreis Dithmarschen bekommt die Zahlen vom Kreisgesundheitsamt und veröffentlicht diese auf seiner Homepage unter Neues erfahren/Coronavirus sowie auf seiner Facebook-Seite. Anschließend findet man die Zahlen dann auch noch bei Boyens Medien.

Gesamtübersicht

Dezember 2021

• Am 26.12.2021 gibt es eine kleine Differenz zwischen RKI und Kreis.
• Am 31.12.2021 liegt die Inzidenz über 500 was beim RKI der Farbe lila entspricht. Ich welchsel die Farben weniger oft, und zwar bei 35, 50, 250 und 1.000.

Januar 2022

Ältere Tabellen befinden sich auf der Diskussionsseite.

Die Situation im Landkreis Dithmarschen

• 05.03.2020: Das neuartige Coronavirus auch COVID-19 oder SARS-CoV-2 oft auch nur Corona genannt erreicht den Kreis Dithmarschen. Wir haben jetzt eine Infizierte.
• 15.03.2020: Es gibt 5 neue Fälle in Dithmarschen. Alle Personen sind Urlaubsrückkehrer aus dem Skigebiet Ischgl.
• 16.03.2020: Es startet der Lockdown, die Folgen sind dass Schulen und Kitas bis zum Ende der Sommerferien geschlossen werden. Es gibt Notfallbetreuungen für Kinder von Eltern mit systemrelevanten Berufen. Bis zum 30. April sind alle öffentlichen Veranstaltungen untersagt. Es wird so ziemlich alles geschlossen was nicht dringend benötigt wird. Der Heider Wochenmarkt darf weiterhin stattfinden. In Restaurants gibt es Abstandsregeln für Tische. In Läden gibt es vereinzelt leere Regale bei Hygieneprodukten und haltbaren Lebensmitteln. Manche Geschäfte verlängern ihre Öffnungszeiten. Der Kreis Dithmarschen richtet ein Bürgertelefon ein. Restaurants müssen die Kontaktdaten ihrer Besucher registrieren. Es fahren weniger Züge und es gibt keine Fahrkartenkontrollen mehr. Die Stiftung Mensch schließt bis zum Ende der Osterferien. Das Amt Mitteldithmarschen sagt alle Sitzungen ab. Schleswig-Holsteinische Inseln werden ab 6 Uhr morgens für Touristen gesperrt. Wer in einem Risikogebiet oder einem besonders betroffenen Gebiet war darf 14 Tage keine öffentlichen Einrichtungen besuchen.Blutspenden finden weiterhin statt.
• 18.03.2020: Alle Touristen müssen Beherbergungsbetriebe verlassen. Hotels werden geschlossen. Touristen dürfen Schleswig-Holstein nicht mehr betreten. Es haben sich 4 Urlaubsrückkehrer mit Corona infiziert.
• 19.03.2020: Bus-ÖPNV wechselt zum Ferienfahrplan.
• 20.03.2020: Private Veranstaltungen und Ansammlungen von mehr als 5 Personen werden untersagt, sofern keine Verwandtschaftsverhältnisse ersten Grades bestehen.
• 21.03.2020: Wer aus einem Risikogebiet kommt muss 14 Tage in häusliche Quarantäne.
• 22.03.2020: Ein weiterer Reiserückkehrer hat sich mit Corona infiziert.
• 28.03.2020: Alle Reiserückkehrer müssen 14 Tage in häusliche Quarantäne.
• 01.04.2020: In Burg hat ein Hausarzt als Vorsichtsmaßnahme seine Praxis geschlossen nachdem ein Patient positiv auf Corona getestet wurde. Dies war keine Auflage sondern eine freiwillige Maßnahme.
• 01.04.2020: Der Kreis Dithmarschen kritisiert auf seiner Facebook-Seite hiesige „Hilfssheriffs“, die Jagd auf Autofahrer mit fremden Kennzeichen machen: „Menschen, die bei uns im Kreisgebiet leben und arbeiten,werden mit dem Auto angehalten, beleidigt und aufgefordert, in ihre Heimat zurückzukehren. Und das nur, weil ihr Auto ein auswärtiges Kennzeichen trägt.“
• 08.04.2020: Der Bauhof in Heide hat heute die Sitzgelegenheiten an der St. Jürgen-Kirche mit Gittern abgesperrt.
• 12. und 13.04.2020: Ostern
• 16.04.2020: Lockerungen für Läden und Geschäfte bis zu 800 Quadratmeter.
• 20.04.2020: Busse fahren wieder im Regelbetrieb. Erste Recyclinghöfe öffnen wieder.
• 29.04.2020: Ab heute gilt Maskenpflicht. Mund-Nasen-Abdeckung beim Einkaufen und in öffentlichen Verkehrsmitteln ist jetzt Pflicht.
• 30.04.2020: In Dithmarschen sind aktuell 4412 Frauen und Männer arbeitslos gemeldet. Im Vergleich zum Vorjahr ein Anstieg um 629 Personen oder 16,6%. Im Vergleich zum März ein Anstieg um 400 Personen oder 10%. Die Arbeitslosenquote beträgt 6,3%. Vor 1 Jahr waren es 5,5%.
• 30.04.2020: Es werden weitere Recyclinghöfe geöffnet.
• 07.05.2020: Die Stadt Heide verschärft die Corona-Vorsichtsmaßnahmen und -Kontrollen auf dem Wochenmarkt. Jetzt gilt auch auf dem Wochenmarkt eine Maskenpflicht.
• 09.05.2020: Alle Geschäfte dürfen wieder öffnen unabhängig von Größe.
• 09.05.2020: In Heide findet eine Mahnwache statt. Dutzende versammeln sich vor der St. Jürgen-Kirche. Es geht unter anderem um Zwangsimpfungen und Bill Gates.
• 16.05.2020: Gaststätten schließen um 22 Uhr. Kosmetik im Gesicht wieder erlaubt. Sport im Innenbereich unter Auflagen wieder möglich. Schwimmbader bleiben geschlossen. Kinos dürfen maximal 50 Besucher pro Saal rein lassen. Werkstätten für Menschen mit Behinderungen dürfen wieder mit 25% ihrer Kapazität öffnen.
• 29.05.2020: Das Bürgertelefon wird eingestellt. Es gab 3900 Anrufer.
• 02.06.2020: Alle Recyclinghöfe haben wieder auf.
• Am 4. und 5. Juni 2020 gab es in Dithmarschen keine bekannten aktiven Fälle.
• 08.06.2020: Alle die ab dem 5. Juni aus Schweden eingereist sind müssen in Quarantäne.
• 18.06.2020: In Burg haben sich in einer Alten- und Pflegeeinrichtung eine Angestellte und 6 Bewohner mit Corona infiziert. Am 9. Juli sind alle wieder coronafrei.
• 01.07.2020: Eine Mitarbeiterin eines Kindergartens ist infiziert.
• 27.07.2020: Seit Mitte der vergangenen Woche viele neue Fälle, überwiegend im Kontext Reiserückkehr.
• 29.07.2020: Bürgertelefon wieder aktiv. Büsum führt ab Wochenende eine Maskenpflicht in der Fußgängerzone ein.
• 31.07.2020: Verschärfte Corona-Regeln für Heide bis 07.08.2020. Mobile Testmobile werden aufgestellt.
• 08.08.2020: Büsum verlängert die Maskenpflicht bis zum 23. August und vergrößert die räumliche Ausdehnung.
• Seit 12.08.2020 gibt es immer mal wieder Verdachtsfälle an Schulen und Kindertagesstätten. Unter anderem in Meldorf, Heide, Marne, Tellingstedt, Buchholz, Büsum und Wesselburen
• Ab 24.08.2020 gilt Maskenpflicht in Schulen.
• 03.09.2020: Das Bürgertelefon wird wieder eingestellt.
• Seit 21.09.2020 gibt es überwiegend Fälle in Wesselburen.
• 28.09.2020: Alle Schulen in Wesselburen werden geschlossen.
• 29.09.2020: Mehr als 1.000.000 Menschen sind weltweit im Zusammenhang mit dem neuartigen Coronavirus Sars-CoV2 verstorben.
• 01.10.2020: Von 9 bis 12 Uhr sowie von 14 bis 19 Uhr können sich alle Rumänen in Wesselburen auf Corona testen lassen. Es wurden vorher schon 28 Rumänen positiv getestet. Bereits am frühen Morgen erschienen 50 Freiwillige. Ebenfalls wurde an der Grundschule in Wesselburen getestet. Insgesamt haben sich 309 Menschen testen lassen darunter 215 rumänische Mitbürger/innen.
• 02.10.2020: Der US-Präsident Donald Trump hat sich mit Corona infiziert.
• 08.10.2020: Alle Tests in Wesselburen wurden ausgewertet. Es wurden 23 positve Ergebnisse festgestellt. Als Maßnahme bleiben in der Stadt folgende Einrichtungen geschlossen: die Stadtbücherei, das Haus der Jugend, das Hebbel-Museum, die Spielplätze sowie der Sportplatz. Aktuell befinden sich alle mit Corona infizierten Dithmarscher in häuslicher Quarantäne.
• 09.10.2020: Im Kreis Dithmarschen gibt es aktuell 13 freie Intensivbetten.
• 15.10.2020: Das RKI meldet einen neuen Rekord von 6638 Neuinfektionen in ganz Deutschland. Der Kreis Dithmarschen meldet heute 12 neue Infektionen.
• 20.10.2020: Der Kreis Dithmarschen überschreitet die 35-Fallmarke. Der Kreis berät sich mit dem Gesundheitsamt. Herbstmarkt darf mit umfassendem Hygienekonzept starten
• 24.10.2020: Amtliche Bekanntmachung Nr.104 beinhaltet Maßnahmen für den ganzen Kreis Dithmarschen.
• Am 28.10.2020 hat das Schleswig-Holsteinische Verwaltungsgericht Schleswig eine Klage abgelehnt. Das öffentliche Interesse an der Abwehr von Gesundheitsgefahren und der Sicherstellung der Gesundheitsvorsorgung überwiegt dem privaten Interesse des Antragstellers an Spaziergängen, Einkäufen und Restaurantbesuchen ohne Maske. 1 B 126/26
• 02.11.2020: Zehn Soldaten der 8. Kompanie des Spezialpionierregiments 164 aus Husum unterstützen ab sofort das Gesundheitsamt Dithmarschen. Und es gibt mal wieder einen Lock-Down, dieses mal eine light-Version.
• 26.11.2020: Dithmarschen unterschreitet nach langer Zeit endlich wieder die 35er-Marke beim Inzidenzwert.
• 27.11.2020: In Deutschland gibt es jetzt mehr als 1 Million Infizierte. Die 7-Tagesinzidenz vom Kreis Dithmarschen überschreitet 35.
• Am 29.11.2020 fiel der Inzidenzwert von Dithmarschen erneut unter 35 und liegt auch am darauf folgenden Tag drunter.
• 02.12.2020: Niedrigster Inzidenzwert seit 17. Oktober.
• 07.12.2020: Der Kreis Dithmarschen ist zum ersten mal ein Risiko-Gebiet. Es gab einen größeren Ausbruch in einer Alten- und Pflegeeinrichtung in Marne (mehr als 40 Fälle). Grundschüler müssen jetzt in der Schule eine Maske tragen. Die Maskenpflich gilt während des Unterrichts, während der Pausen und auf dem Weg zwischen Schule und Bushaltestelle bzw. Bahnhof.
• 16.12.2020: Es gibt erneut einen Lock-down. Alles was nicht dringend gebraucht wird schließt und so weiter. Seit letztem Wochenende haben wir bereits ein Alkoholverbot in der Öffentlichkeit.
• 18.12.2020: In einem Seniorendienstleistungszentrum in Tellingstedt wurden mehrere Infizierte festgestellt. Die Abstriche fanden bereits vor 2 Tagen statt. (mehr als 20 Fälle)
• 04.01.2021: Heute eröffnete das erste Corona-Impfzentrum in Heide in der Meldorfer Straße 196. Es wurden 60 Impfungen durchgeführt.
• 11.01.2021: In einer Alten- und Pflegeeinrichtung in Heide wurden 23 Neuinfektionen festgestellt.
• Am 21.01.2021 bestätigt die Charité in Berlin dass in einem Haushalt in Dithmarschen die hochansteckende Mutation aus Großbritannien entdeckt wurde. Eine der 4 Sequenzen trägt den Namen BetaCoV/Dithmarschen/ChVir22551/2021. Diese Sequenz trägt das Datum 13.01.2021.
• 05.02.2021 gegen 23 Uhr wird in Heide eine Party aufgelöst. Es waren 5 Personen aus 4 verschiedenen Haushalten anwesend.
• 06.02.2021 gegen 17:30 Uhr wird in Wesselburen eine Party beendet. Es waren 30 Personen in einem Einfamilienhaus anwesend.
• 13.04.2021 gegen 18 Uhr wurde in Brunsbüttel ein Testzentrum des Roten Kreuz evakuiert nachdem in einer benachbarten Halle ein Feuer ausbrach. Es waren 30 Personen im Testzentrum anwesend als das Feuer ausbrach. Es waren 40 Einsatzkräfte im Einsatz. Mit Hilfe des Löschsystems "fognail" konnte die Temperatur im inneren gesenkt werden. Ein Übergergreifen des Feuers auf das Testzentrum konnte erfolgreich verhindert werden.
• 22.04.2021 Das Impfzentrum in Brunsbüttel verlängert bis einschließlich 02.05.2021 seine Öffnungszeiten. Es ist jetzt bis 22 Uhr geöffnet. Aufgrund eines technischen Fehlers wurden die Nachmittagstermine für diese und nächste Woche doppelt gebucht. Es kam zu über 2.000 Doppelbuchungen die in die Abendstunden verlegt werden.
• 13.05.2021 Mit 960 Neuinfektionen im Jahr 2021 wurde heute der Vorjahreswert erreicht.
• 21.05.2021 Dithmarscher Impfzentren knacken 50.000 Impfungen.
• 18.08.2021 Heute hat der Kreis Dithmarschen mit 35 Neuinfektionen einen neuen Tagesrekord aufgestellt. Der bisherige Rekord vom 18.12.2020 lag nur bei 28.
• 20.08.2021 Der neue Inzidenz-Rekord liegt bei 90,81 Infizierten je 100.000 Einwohner.
• 10.11.2021 Mit 102,11 Neuinfektionen je 100.000 Einwohner pro Woche liegt der Inzidenzwert erstmals über 100.
• 18.12.2021 In Meldorf findet eine Veranstaltung statt bei der sich viele Menschen infizieren. Inzidenz liegt irgendwo zwischen 80 und 90.
• 26.12.2021 Es gibt in Dithmarschen 297 aktive Fälle von denen 75 Fälle der Omikron-Variante (B.1.1.529) zuzuordnen sind. Die Nachverfolgung der Kontaktpersonen ist kaum noch an einem Tag zu schaffen, obwohl über Weihnachten und Heiligabend 13 Mitarbeiter aus Kreis und Bundeswehr jeden Tag 12 Stunden lang im Einsatz waren.
• 27.12.2021 Heute ist Montag. Ab heute gilt Besuchsverbot in den beiden Krankenhäusern in Brunsbüttel und Heide. Die Inzidenz steigt erstmalig über 200. Die Omikron-Variante ist jetzt 112 mal in Dithmarschen vorhanden.
• 28.12.2021 Der neue Tagesrekord liegt bei 91 Neuinfizierten an nur einem Tag. Die Omikron-Variante ist jetzt 167 mal vorhanden.
• 28.12.2021 late-night-impfen in Meldorf im Ärztezentrum von 19 Uhr abends bis 2 Uhr morgens.
• 31.12.2021 Das Jahr verabschiedet sich mit einem neuen Rekord und knackt die 500er-Marke (Inzidenz). Desweiteren gibt das Pahlazzo bekannt, dass es dort am 25.12.2021 Omikron-Fälle gab und bittet alle Besucher darum, für 14 Tage in Quarantäne zu gehen.

Aktuelle Informationen findet Ihr bei Boyens Medien und auf der Facebook-Seite des Kreises Dithmarschen.

Altersverteilung der mit Corona infizierten in Dithmarschen

Da sich die Anzahl der Personen mit unbekanntem Geschlecht manchmal ändert passen nicht immer alle Daten zusammen.

• Hinweis: Am 07.01.2021 bzw. am Vortag gab es 3 Nachmeldungen vom 28.04.2020, 02.11.2020 und 13.11.2020. 1 Fall vom 01.01.2021 wurde storniert.
• Hinweis: Aufgrund von Korrekturen können immer mal wieder geringfügige Abweichungen auftreten.
• Hinweis: aktuell haben 28 Personen einen unbekannten Genderstatus. 2 haben ein unbekanntes Alter.

• Quellen: Robert Koch-Institut: COVID-19-Dashboard und NPGEO
• corona-in-zahlen.de
• Es werden auch die Tabellen vom Kreis Dithmarschen und von Boyens Medien ausgewertet.

7-Tages-Inzidenz-Werte nach Geschlecht und Alter

Eigene Berechnung

• Einwohner nach Alter und Geschlecht

Es wird jeweils das Datum von gestern angegeben, weil die Daten erst am nächsten Tag vom RKI veröffentlicht werden.

tcctcggcgggc

tcctcggcgggc hier kommt bald ein neues Bild hin

Ein kleiner Gen-Abschnitt macht Corona einzigartig. Anders als in allen nahen Verwandten, egal ob in Fledermaus oder Pangolin, hat Corona eine einzigartige Furin-Spaltstelle (PRRAR↓SV). Diese entstand durch eine Insertion von 12 Nukleotiden Länge. Dieser kurze Genabschnitt wurde bisher noch nicht in anderen Coronaviren gefunden.

mögliche Quellen für die Insertion

• NM_006843.3 (309..320) Homo sapiens serine dehydrase (SDS)
• NM_015914.7 (254..265) Homo sapiens thioredoxin domain containing 11 (TXNDC11)
• NM_079903.4 (6.010..6.021) Drosphila melanogaster nejire (nej)
• NM_171999.4 (2.217..2.228) Homo sapiens spalt like transcription factor 3 (SALL3)
• NM_176832.2 (1.623..1.634) Mus musculus spire type actin nucleation factor 1 (spire1)
• AZZ57384.1 (635..646) bifunctional o-acetylhomoserine/o-acetylserine sulfhydrylase (Rathayibacter iranicus)
• modifiziertes Echovirus E25 zur Bekämpfung von Tumoren.
• KP099941.1 (1.170..1.181) Echovirus E25 strain XM0297 (China: Fujian / 2013)

Echovirus E25 ist ebenfalls wie Corona ein (+)ssRNA-Virus.

Interessant ist der Genabschnitt ccaagttcctcggcgggcacggga und sein Gegenstrang tcccgtgcccgccgaggaacttgg (5' zu 3' Richtung) von Rathayibacter iranicus, ein Bakterium das Weizen krank macht. Die Endstücke gga (NGA) und tgg (NGG) werden auch als PAM bezeichnet. Die Genschere Crispr Cas9 schneidet 3 Nukleotide vor dem PAM beide DNA-Stränge durch. Damit beide Schnittstellen funktionieren müssen wir die DNA nach dem ersten Schnitt ein wenig drehen und nochmals rein stecken. Nach dem ersten Schnitt bleiben übrigens nur noch 15 Basenpaare (bp) zum vergleichen übrig, das ist jedoch ausreichend. Das natürliche Limit der Spacer liegt zwischen 15bp und 21bp.

Schnitt 1
5'-ccaagttcctcggcgggc|acggga-3' Hauptstrang
3'-ggttcaaggagccgcccg|tgccct-5' Gegenstrang

Schnitt 2
5'-gcccgccgagga|acttgg Gegenstrang
3'-cgggcggctcct|tgaacc Hauptstrang

oder anders herum.

Der Einsatz von Crispr Cas9 ist nicht sinnvoll um 12 Nukleotide auszuschneiden die in ein anderes Genom übertragen werden sollen. Es wäre jedoch möglich dass jemand eigentlich das Genom von Weizen bearbeiten wollte, dabei eine verunreinigte Probe erwischt hat und dieses Bruchstück rein zufällig entstanden ist.

Corona hat eine gültige Schnittstelle für Crispr Cas 9 direkt hinter der Insertion, aber nur wenn man vorher die RNA mit einer Reverse Transcriptase in DNA umwandelt. Mit Hilfe von Google findet man viele verschiedene PAMs, darunter auch NAG. NAG bedeutet ein beliebiges Nukleotid und A und G.

Der Genabschnitt in dem sich die Insertion befintet lautet wie folgt:

...ttatcagactcagactaattctcctcggcgggcacgtag...

Es kann also ein gezielter Schnitt an der gewünschten Stelle durchgeführt werden. Die nur 12 Nukleotide lange Sequenz die eingebaut wird, würde man vermutlich eher selber bauen als ausschneiden, da man in der Regel auch die Spacersequenz selber bauen muss die deutlich länger ist. Leider kann ich euch nicht verraten ob Corona aus einem Labor kommt oder aus welchem. Jedoch kann ich euch verraten dass man es in einem Labor herstellen kann.

Regionale Viren

• Stammbaum der Charité
• weltweiter Stammbaum

Die Nummer 3037 mit der Lokation Kreis-Dithmarschen entspricht dem vollständigen Namen BetaCoV/Kreis-Dithmarschen/ChVir3037/2020 mit der Accession CSpecVir3037.

Wir danken den folgenden Autoren aus den Ursprungslabors, die für die Beschaffung der Proben verantwortlich sind, und den Einreichungslabors, in denen genetische Sequenzdaten generiert und über die GISAID-Initiative ausgetauscht wurden, auf der diese Forschung basiert. Wir danken auch für Sequenzen die noch nicht bei GISAID angekommen sind.

Überregionale Mutationen

Am Jahresende des Jahres 2020 wurden in 3 Ländern auf 3 Kontinenten hochansteckende Mutanten entdeckt die völlig unabhängig voneinander entstanden sind. Auffällig an diesen Mutanten ist dass diese viele Mutationen im Spike-Protein aufweisen. In Südafrika entstand ein Stamm, auch Clade genannt, mit der Bezeichnungen 20H auch 501Y.V2 oder B.1.351 genannt. In Großbritannien entstand die Clade 20I auch 501Y.V1 oder B.1.1.7 genannt. In Brasilien entstand die Clade 20J auch 501Y.V3 oder P.1 genannt.

Es gibt verschiedene Gemeinsamkeiten. Die beiden Claden 20H und 20J haben unter anderem die Spike-Mutation E484K gemeinsam, die dafür verantwortlich gemacht wird, dass sich bereits Genesene erneut anstecken können. An Position 417 des Spike-Proteins haben zwar beide eine Mutation diese sind jedoch nicht identisch. 20H weist die Mutation K417N während 20J die Mutation K417T aufweist. Alle drei Zweige weisen die Mutation N501Y auf die für eine hohe Ansteckungsrate verantwortlich gemacht wird.

Die SGF-Deletion

Eine weitere Übereinstimmung in allen 3 Zweigen ist die Löschung der Aminosäuren SGF an Position 3675-3677 von ORF1a, was der Position 106-108 im Nichtstrukturprotein 6 (nsp6) entspricht. Auch diese Mutation könnte interessant sein, da nsp6 die Fähigkeit besitzt Autophagosomen aus dem endoplasmatischen Retikulum zu erzeugen. Autophagosomen können die Infektion fördern, indem sie den Aufbau von Replikase-Proteinen erleichtern. Nsp6 reduziert die Größe der Autophagosomen unabhängig davon ob diese selbst produziert sind oder nicht, dies beeinträchtigt die Fähigkeit der Autophagosomen virale Komponenten zum Abbau an Lysosomen abzugeben.

Inzwischen tritt diese Mutation in weiteren hochansteckenden Mutationen auf. Durch diese Mutation geht das Epitop mit der Sequenz TSLSGFKLK verloren. Eigentlich kann man sagen dass noch viele andere übrig bleiben, jedoch hat das relativ kleine nsp6-Protein jetzt eine Angriffsstelle weniger.

Das humane Immunsystem

The MHCI binding predictions were made on 3/12/2021 using the IEDB analysis resource NetMHCpan (ver. 4.1) tool [1].

1. Birkir Reynisson, Bruno Alvarez, Sinu Paul, Bjoern Peters, Morten Nielsen. 2020. NetMHCpan-4.1 and NetMHCIIpan-4.0: improved predictions of MHC antigen presentation by concurrent motif deconvolution and integration of MS MHC eluted ligand data. Nucleic Acids Res. 48(W1):W449-W454. doi: 10.1093/nar/gkaa379.

http://tools.iedb.org/mhci/

Kreuzreaktivitäten

Manchmal kommt es vor, dass Amminosäuresequenzen von verschiedenen Viren übereinstimmen. Es kann deshalb vorkommen dass sich, wenn man sich mit einem Virus infiziert, Antikörper gegen ein anderes Virus, das man schon einmal gehabt hat, entwickeln. Manchmal hat man Glück und man ist gegen dieses neue Virus immun, aber es kann auch vorkommen, dass nur wenige Antikörper passen und wir sozusagen die falschen Antikörper produzieren.

Außerhalb vom Polyprotein fand ich bisher nur einen Treffer im Nukleokapsid-Protein, und zwar PRWYFYYLGTGP. Ich halte es für unwahrscheinlich dass ich noch mehr finde.

Impfstoffe gegen Covid-19

Comirnaty (BNT162b2, Biontec / Pfizer)

Der Impfstoff Comirnaty von Biontec und Pfizer ist ein mRNA-Impfstoff. Das Verfahren ist noch relativ neu. Anstelle von abgeschwächten Viren oder leeren Hüllen usw. wird ein Bauplan des Spike-Proteins gespritzt. (Das Spike-Protein befindet sich an der Virenhülle und dockt am ACE2-Receptor an.) Der Bauplan besteht aus mRNA, diese wird in den Zellen des geimpften ausgelesen und nach dieser Anleitung ein Protein des Zielerregers (das Spike-Protein) gebaut, das dann eine Immunreaktion bewirkt. Der Bauplan wird vorher noch optimiert indem die Codonhäufigkeit an den Wirt angepasst wird, so dass die Produktion des Spike-Proteins möglichst einfach ist. Das scheint gut zu funktionieren. In einer Untersuchung in den USA mit 195 Probanden im Alter von 18 bis 85 Jahren erreichten die jüngeren Teilnehmer (18 bis 55 Jahre) nach zweimaliger Impfung Antikörperkonzentrationen die 3,8 mal so hoch waren wie bei ungeimpften Personen, die eine echte Infektion durchgemacht hatten. Bei älteren Probanden (65 bis 85 Jahren) waren noch etwa 1,6 mal so viele Antikörper vorhanden. Neben der Antikörper-Antwort induzierte BTN162b2 auch eine ausgeprägte CD4+- und CD8+-T-Zellreaktion gegen die Rezeptorbindungsdomäne und den Rest des Spike-Proteins.

Der Impfstoff wird in 2 Einzeldosen zu je 30µg im Abstand von 21 Tagen verabreicht. Der Impfstoff wird intramuskulär in den Deltamuskel verabreicht. Das Volumen einer Dosis beträgt 0,3 ml. Bevor der Impfstoff verabreicht wird, wird dieser aufgetaut und verdünnt. Ein Schutz gegen das Virus ist 7 Tage nach der zweiten Dosis vorhanden. Die Wahrscheinlichkeit sich nach der Impfung mit Covid-19 zu infizieren ist um 95% reduziert.

Der Impfstoff ist bei -75°C maximal 6 Monate haltbar, im Kühlschrank bei 2°C bis 8°C maximal 5 Tage und bei Raumtemperatur bei 2°C bis 30°C maximal 2 Stunden. Nachdem der Impfstoff verdünnt ist, ist er bei Raumtemperatur bei 2°C bis 30°C maximal 6 Stunden haltbar.

Inhaltsstoffe:

• ALC-0315: ((4-hydroxybutyl)azanediyl)bis(hexane-6,1-diyl)bis(2-hexyldecanoate)
• ALC-0159: 2[(polyethylene glycol)-2000]-N,N-ditetradecylacetamide
• 1,2-Distearoyl-sn-glycero-3-phosphocholin
• Cholesterol
• Kaliumchlorid
• Natriumchlorid (Kochsalz)
• Kaliumdihydrogenphosphat
• Dinatriumhydrogenphosphat-Dihydrat
• Saccharose (Haushaltszucker)

Eine Dosis enthält 39 mg Kalium und 23 mg Natrium.

• Safety and Efficacy of the BNT162b2 mRNA Covid-19 Vaccine
• Neueinführung Corona-Impfstoff BNT162b2 (COMIRNATY) beinhaltet Transport und Lagerung
• Alle Inhaltsstoffe: Was im Biontech-Impfstoff drin ist
• Wie funktionieren mRNA-Impfstoffe?

Moderna

Der Impfstoff mRNA-1273 von Moderna ist ebenfalls ein mRNA-Impfstoff.

AstraZeneca

AZD1222 ist ein Vektorimpfstoff. Ein Vektorimpfstoff ist ein gentechnisch veränderter Organismus. AZD1222 besteht aus einem harmlosen Virus der sich nicht vermehren kann und Spike-Proteine des neuartigen SARS-CoV-2-Virus produziert. Als Vektor wird Chimpanzee Adenovirus Y25 verwendet, ein Virus das normalerweise Chimpansen befällt. Menschen haben eher selten Kontakt zu dem Vektorvirus. Um einen wirksamen Impfstoff herzustellen benötigt man einen Vektor gegen den wir noch keine Antikörper gebildet haben. Wir müssen auch aufpassen dass wir nach der Erstimpfung möglichst wenig oder keine Antikörper gegen die Zweitimpfung entwickeln. Wenn wir Antikörper gegen Chimpansen-Viren entwickeln kann es vorkommen dass unser Immunsystem so sehr ausgelastet ist dass keine freien Ressourcen für die Spike-Proteine übrig bleiben.

Johnson & Johnson

Ad26.COV2.S von Johnson & Johnson ist ein Vektorimpfstoff.

Häufigkeit der Symptome in Deutschland

häufige Symptome:

• Husten 45%
• Fieber 38%
• Schnupfen 20%
• Störung des Geruchs- und/oder Geschmackssinns 15%
• Pneumonie 3,0%

weitere Symptome:

• Halsschmerzen
• Atemnot
• Kopf- und Gliederschmerzen
• Appetitlosigkeit
• Gewichtsverlust
• Übelkeit
• Bauchschmerzen
• Erbrechen
• Durchfall
• Konjunktivitis
• Hautausschlag
• Lymphknotenschwellung
• Apathie
• Somnolenz

SARS-CoV-2 Steckbrief zur Coronavirus-Krankheit-2019 (COVID-19) Stand: 2.10.2020

Asymptomatische Fälle

Es kommt manchmal vor dass Infizierte gar keine Symptome haben, das passiert aber eher selten. Wenn man ganz viele positive Testergebnisse hat wird man feststellen dass ungefähr 20% gar keine Symptome haben. Die Wahrscheinlichkeit dass dieser Wert zwischen 17% und 25% liegt beträgt 95%. Allerdings befinden sich einige noch in der Inkubationsphase und sind daher eher als präsymptomatisch einzustufen. Wartet man auf das Ende der Inkubationsphase fällt der Anteil der Asymptomatischen auf 17,9%. Mit einer Wahrscheinlichkeit von 95% wird dieser Wert zwischen 15,5% und 20,2% liegen.

• doi.org/10.1371/journal.pmed.1003346

Risikogruppen für schwere Verläufe

• ältere Personen (mit stetig steigendem Risiko für einen schweren Verlauf ab etwa 50-60 Jahren; 86% der in Deutschland an COVID-19 Verstorbenen waren 70 Jahre alt oder älter [Altersmedian: 82 Jahre])
• Männliches Geschlecht
• Raucher (schwache Evidenz)
• stark adipöse Menschen
• Personen mit bestimmten Vorerkrankungen, ohne Rangfolge

• des Herz-Kreislauf-Systems (z.B. koronare Herzerkrankung und Bluthochdruck)
• chronische Lungenerkrankungen (z.B. COPD)
• chronische Nieren- und Lebererkrankungen
• Patienten mit Diabetes mellitus (Zuckerkrankheit)
• Patienten mit einer Krebserkrankung
• Patienten mit geschwächtem Immunsystem (z.B. aufgrund einer Erkrankung, die mit einer Immunschwäche einhergeht oder durch die regelmäßige Einnahme von Medikamenten, die die Immunabwehr beeinflussen und herabsetzen können, wie z.B. Cortison)

SARS-CoV-2 Steckbrief zur Coronavirus-Krankheit-2019 (COVID-19) Stand: 2.10.2020

Sterblichkeit nach Altersgruppen

• 35-44: so gefährlich wie eine Influenza
• 45-54: 0,2%
• 55-64: 0,7%
• 65-74: 2,2% / 30mal so gefährlich wie eine Influenza
• 75-84: 7,3%
• >85 : etwa 33% / vergleichbar mit Pocken im Mittelalter

Ältere Menschen, deren Körper im Laufe ihres Lebens schon viele verschiedene Krankheits-Erreger bekämpft haben, greifen auf die bisher bekannte Immun-Erfahrung zurück. Diese Antwort auf das Virus ist dann nicht immer richtig und es kann zu schweren Verläufen der Krankheit kommen. Jüngere Menschen die weniger Krankheiten durchgemacht haben, können gezielter auf das Virus reagieren

Virologe Drosten erklärt Darum ist das Coronavirus für alte Menschen so gefährlich

Schutzmaßnahmen gegen Corona

• Waschen Sie sich häufig die Hände. Verwenden Sie Wasser und Seife oder ein Händedesinfektionsmittel auf Alkoholbasis. Seife und Alkohol helfen weil die Virionen neben einer Proteinhülle auch eine Fetthülle haben, das macht das Virus anfällig für äußere Einflüsse.
• Halten Sie einen Sicherheitsabstand von Personen ein, die husten oder niesen. Es ist eigentlich immer sinnvoll Abstand zu halten, da es sogenannte Superspreader gibt die schon beim normalen Atmen ähnliche Mengen an Virionen emittieren wie andere beim Husten oder Niesen.
• Tragen Sie eine Maske, wenn Sie keinen Abstand halten können.
• Berühren Sie nicht die Augen, die Nase oder den Mund.
• Bedecken Sie Nase und Mund beim Husten oder Niesen, oder husten oder niesen Sie in Ihre Armbeuge.
• Bleiben Sie zu Hause, wenn Sie sich krank fühlen.
• Wenden Sie sich an einen Arzt, wenn Sie Fieber, Husten oder Schwierigkeiten beim Atmen haben.
• Rufen Sie in der Arztpraxis an, bevor Sie sie aufsuchen.
• Vermeiden Sie den Aufenthalt in Risikogebieten.

Wirksamkeit von Maßnahmen

CI = Konfidenzintervall

aOR = angepasstes Quotenverhältnis

RR = Relatives Risiko

Eine physikalische Entfernung von mehr als 1 m führt wahrscheinlich zu einer starken Verringerung der Virusinfektion. Pro 1 m weiter entferntem Abstand kann sich der relative Effekt um das 2,0-fache erhöhen.

Medizinische oder chirurgische Gesichtsmasken können zu einer starken Verringerung der Virusinfektion führen. N95-Atemschutzgeräte können im Vergleich zu chirurgischen oder ähnlichen Masken mit einer größeren Risikominderung verbunden sein.

Augenschutz kann zu einer starken Verringerung der Virusinfektion führen.

• The Lancet

Ablauf einer Ansteckung

Es gibt Menschen die krank sind ohne es zu wissen, diese können überall sein. Atmet ein Mensch Viren aus so kann es vorkommen dass andere Menschen dieses Virus aufnehmen ohne das zu bemerken. Die Virionen dringen meistens über Mund und Nase in den Körper ein. Ist das Virus erst einmal in den Körper eingedrungen sucht es nach einer geeigneten Wirtszelle. Diese Wirtszellen können sich nicht nur in Lunge und Rachen und anderen Orten befinden sondern auch in der Nase weshalb eine Maske die unter der Nase getragen wird genau so wenig hilft wie keine Maske. Wenn das Virus eine passende Wirtszelle gefunden hat dockt es mit hilfe des Spike-Glycoprotein an den ACE2-Rezeptor der Wirtszelle an. Anschließend trifft dann die transmembrane Serinprotease TMPRSS2 die fatale Entscheidung dass das Virus in die Zelle eindringend darf. Kaum eingedrungen setzt dann das Virus seine RNA frei die dann einfach kopiert wird. Es werden zusätzlich noch viele Proteine produziert und die Produktion wirtseigener Proteine wird blockiert. Sobald dann fertige Virionen vorhanden sind verlassen diese dann die Wirtszelle und suchen sich neue Wirtszellen und vermehren sich dann exponentiell. Die Virionen sind in der Lage den Körper wieder zu verlassen noch bevor der Wirt seine ersten Symptome bemerkt. Manche Menschen bleiben sogar ganz von Syptomen verschont und können trotzdem ansteckend sein.

Corona: Wie hoch ist die Ansteckungsgefahr durch Aerosole?

Haltbarkeit von Coronaviren

Leider sind Daten zur Haltbarkeit von SARS-CoV-2 nur schwer zu finden deshalb findet ihr hier ein paar ähnliche Viren.

SARS-CoV Stamm P9 bei Raumtemperatur und 10⁵ TCID 50 / ml

SARS-CoV Stamm GvU6109 bei Raumtemperatur

MERS-CoV Stamm HCoV-EMC2012 auf Kupfer bei 10⁵ TCID 50 / ml

• Stability and infectivity of coronaviruses in inanimate environments

Der PCR-Test

Prä-Analytik (= Vorbereitung der Testprobe)

Die Vorbereitung umfasst die Probenentnahme, die Probenlagerung und den Transport der Proben. In der Regel wird ein Nasen- oder Mund-Rachen-Abstrich gemacht und das Abstrichbürstchen in einem Röhrchen mit einer Transportflüssigkeit oder trocken verschlossen. Anschließend wird das Röhrchen ins Labor gebracht.

Wichtig dabei ist neben der Lagerung der Probe vor allem die Abstrichtechnik. Diese ist entscheidend, da hiermit festgelegt wird, wieviel Zellmaterial und somit auch wieviel Viren aufgenommen werden. Das Robert Koch-Institut (RKI) hat Hinweise zum Probenmaterial veröffentlicht und Abstrich-Zentren, Analyselabore und Kliniken haben sogenannte „Standard Operating Protokols“ (SOPs) herausgegeben. Das sind Handlungsanweisungen, die die Abstrich-Technik, die Aufbewahrung und den Transport der Proben genau beschreiben, um so die Qualität des gesamten Verfahrens zu sichern.

Technische Analytik (= Durchführung der PCR)

Zum Nachweis des Virus dient die Polymerasekettenreaktion (Polymerase Chain Reaction). Diese Technik wurde von Kary Mullis entwickelt, der dafür 1983 den Nobelpreis für Chemie bekam.

Zuerst wird das Erbgut des Erregers aus dem Abstrichmaterial isoliert und aufgereinigt. Dann wird die RNA in DNA überführt, das macht man mit einer Enzymreaktion, die man als „reverse Transkription“ (RT) bezeichnet. Anschließend kann dann die Polymerasekettenreaktion gestartet werden.

Die DNA wird erhitzt wodurch sich die beiden Stränge der DNA trennen. Nach dem Abkühlen binden die beiden Primer an ihre jeweils genau panssenden Regionen innerhalb der DNA-Kopie. Dabei ist die Lage der Primer so gewählt, dass sie sich „gegenüberstehen“ und nur einen kleinen Teil der DNA-Kopie vermehren. In dem Reaktionsgefäß enthalten ist ein hitzebeständiges Enzym (eine sogenannte Polymerase), die die „Enden“ der Primer erkennt und diese verlängert. Dadurch entstehen jetzt zwei DNA-Kopien. Dieser Zyklus wird jetzt mehrfach wiederholt, wobei sich die DNA immer wieder verdoppelt.

Post-Analytik (= Beurteilung des PCR Ergebnisses)

Beurteilung des Ergebnisses: Mit der technischen Beurteilung einer PCR über oder unter der Nachweisgrenze wird dann eine medizinische Befundung durchgeführt. In diesem Schritt wird das technische Ergebnis in den klinischen Zusammenhang gestellt . Ist das Ergebnis zweifelhaft, weil z.B. nur ein Genabschnitt von zwei oder drei im Testsystem nachzuweisenden erfolgreich vervielfältigt wurde, dann wird der Test mit einem PCR-Test eines anderen Herstellers wiederholt oder es wird eine neue Probe des Patienten angefordert. Erst wenn das Testergebnis technisch einwandfrei ist, wird es für den Befund herangezogen.

FAZIT:

Aus der beschriebenen technischen und medizinischen Beurteilung ergibt sich eine hohe klinisch-diagnostische Sensitivität für SARS-CoV-2 von nahezu 100 %. Die vom RKI gemeldeten Daten zum Infektionsgeschehen spiegeln somit medizinische Befunde und keine rohen Testergebnisse wieder, so dass von einer sehr hohen Zuverlässigkeit der Analysemethode auszugehen ist.

Quellen

• Gesellschaft für Virologie zur PCR-Diagnostik von SARS-CoV-2

mehr zum Thema testen

Real Time Quantitative PCR

Die quantitative Echtzeit-PCR ist eine Vervielfältigungsmethode für Nukleinsäuren, die auf dem Prinzip der herkömmlichen Polymerase-Kettenreaktion (PCR) beruht und zusätzlich die Quantifizierung der gewonnenen DNA ermöglicht. Es gibt verschiedene Möglichkeiten einen Test durchzuführen. Der hier beschriebene Test basiert auf dem Förster-Resonanzenergietransfer (FRET). Eine häufig genutzte Möglichkeit des FRET besteht in der Anwendung einer TaqMan-Sonde (auch Hydrolyse-Sonde), die am 3'-Ende mit einem Quencher (z.B. TAMRA oder BHQ1), und am 5'-Ende mit einem Reporter-Fluoreszenzfarbstoff (z.B. FAM) markiert wurde. Wenn die Taq-Polymerase, die zusätzlich zur Polymeraseaktivität eine 5'-3'-Exonuklease-Aktivität besitzt, die Sonde während der Synthese des Gegenstranges am 5'-Ende abbaut, entfernen sich dadurch Quencher und Fluorophor voneinander, und eine steigende Reporter-Fluoreszenz kann gemessen werden. Die Messung findet am Ende der Elongation in jedem Zyklus statt. Wenn sich Quencher und Reporter-Fluoreszenzfarbstoff annähern nimmt der Quencher dem Reporter-Fluoreszenzfarbstoff Energie weg. Der Reporter-Fluoreszenzfarbstoff verliert Leuchtkraft und der Quencher gewinnt Leuchtkraft.

Anmerkungen zur Tabelle: Die Primer sehen in der Regel folgendermaßen aus 5'-CCCTGTGGGTTTTACACTTAA-3'. TaqMan-Sonden können unter anderem so aussehen: 5'-FAM-CCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGG-BHQ1-3'. FAM und BHQ1 sind Farbstoffe, davon gibt es eine größere Auswahl. Manchmal steht bei Bemerkungen invertiert, das bedeutet bei TaqMan-Sonden dass die Sequenz nicht im Virus vorhanden ist sondern dem entspricht was dort am besten ran passt. Bei den Reverse Primern ist es das Gegenstück zum Primer das mit dem Code des Virus verglichen werden kann. Wenn da steht erlaubt ... bedeutet dies das eine oder mehrere Mutationen toliert werden oder nicht vorhanden sein müssen damit der Test positiv ist. Wenn da steht benötigt ... werden die aufgelisteten Mutationen tatsächlich benötigt für ein positives Ergebnis. Hierbei steht / jeweils für oder. Original ist der Code der im Virus steht. Die Referenz-Sequenz ist Wuhan/Hu-1/2019.

Quellen:

1. www.mdpi.com
2. www.protocols.io
3. www.who.int
4. www.sciensano.be
5. virological.org

"Sonderzeichen"

Wichtige Testkriterien: Hohe Sensitivität und Spezifität

Besonders aussagekräftig sind Tests, welche eine hohe Spezifität und eine hohe Sensitivität haben. Die Spezifität beschreibt die Genauigkeit des Tests, ob alle gesunden getesteten Personen auch als Gesunde erkannt werden. Die Sensitivität gibt Auskunft darüber, ob alle Kranken auch als Kranke erkannt werden.

Die Gesellschaft zur Förderung der Qualitätssicherung in medizinischen Laboratorien für PCR-Testungen ermittelte in 488 Laboren aus 36 Ländern die Mittelwerte: 98,2% für Spezifität und 99,3% für Sensitivität

Dual-Target-PCR

Diese Erfindung ist nicht wirklich neu, aber noch nicht jedem bekannt. Ihr habt ja sicherlich schon oft gelesen dass die Positivrate aller Corona-Tests in der Nähe der Falschpositivrate liegt. Allerdings scheint hier ein Missverständnis vorzuliegen. Das Problem ist dass man oft nur die Fehlerquoten von PCR-Tests findet die nur auf ein Gen testen. Allerdings wurde schon vor Beginn der Corona-Pandemie viel getestet und die Experten die die Tests auswerten kennen sich bestens aus.

Bei einem Dual-Target-PCR werden mindestens 2 unabhängige Genregionen gleichzeitig nachgewiesen. Diese können zum Beispiel sein: E-Gen, N-Gen, Orf1-Gen, S-Gen. Dieses Verfahren erhöht die Sensitivität und Spezifität des SARS-CoV-2-Nachweises. Ein positives Ergebnis für mindestens 2 Gene weist mit sehr hoher Wahrscheinlichkeit auf eine CoV-2 Infektion hin.

Rechenbeispiele:

• Bei einer Spezifität von 98,2% werden 1,8% aller gesunden Menschen falsch-positiv getestet. Das heißt von 1.000.000 Individuen werden 18.000 positiv getestet obwohl sie eigentlich gesund sind. Suchen wir jedoch nach 2 verschieden Genen so haben wir 2 Gene mit jeweils 18.000 positiven Ergebnissen. Von den 18.000 des einen Gens werden 324 ebenfalls auf das andere Gen positiv getestet. Die Fehlerrate beträgt bei 2 unterschiedlichen Genen 324ppm oder 0,0324% was einer Spezifität von 99,9676% entspricht. Von etwa 3.000 gesunden wird einer positiv getestet.

• Erhöhen wir die Anzahl der Gene auf 3 so haben wir bei 1.000.000 Tests 3 Gene die jeweils 18.000 mal positiv getestet werden. Darunter befinden sich 3 Teilmengen mit jeweils 324 positiven Ergebnissen mit jeweils 2 Fehlern die eine weitere Teilmenge beinhalten. Bei 5,832 von 1.000.000 Tests werden alle 3 Gene falsch positiv angezeigt. Die Fehlerquote beträgt bei 3 unterschiedlichen Genen 5,832ppm oder 0,0005832% was einer Spezifität von 99,9994168% entspricht. Von etwa 170.000 gesunden wird einer positiv getestet.

• Bei einer Sensitivität von 99,3% werden 0,7% aller infizierten Menschen falsch-negativ getestet. Das heißt von 1.000.000 Individuen werden 7.000 negativ getestet obwohl sie eigentlich infiziert sind. Suchen wir jedoch nach 2 verschieden Genen so haben wir 2 Gene mit jeweils 7.000 negativen Ergebnissen. Von den 7.000 des einen Gens werden 49 ebenfalls auf das andere Gen negativ getestet. Die Fehlerrate beträgt bei 2 unterschiedlichen Genen 49ppm oder 0,0049% was einer Sensitivität von 99,9951% entspricht. Von etwa 20.000 Infizierten wird einer negativ getestet.

• Erhöhen wir die Anzahl der Gene auf 3 so haben wir bei 1.000.000 Tests 3 Gene die jeweils 7.000 mal negativ getestet werden. Darunter befinden sich 3 Teilmengen mit jeweils 49 negativen Ergebnissen mit jeweils 2 Fehlern die eine weitere Teilmenge beinhalten. Bei 0,343 von 1.000.000 Infizierten werden alle 3 Gene falsch negativ angezeigt. Die Fehlerquote beträgt bei 3 unterschiedlichen Genen 343ppb oder 0,0000343% was einer Sensitivität von 99,9999657% entspricht. Von etwa 3 Millionen Infizierten wird einer negativ getestet.

Besonders wichtig ist eine hohe Sensitivität da ein gesunder Mensch in der Quarantäne keinen Schaden anrichtet aber ein negativ getesteter frei rum laufen darf.

Was bedeutet der ct-Wert?

Vereinfacht gesagt gibt der ct-Wert (englisch: cycle threshold) an, wie lange eine Probe im Labor untersucht werden muss, also wie viele Zyklen notwendig sind, bis es zu einem positiven Befund kommt, sprich wie viele "Runden" das Probenmaterial durchlaufen muss, bis das Ergbut von SARS-CoV-2 nachgewiesen werden kann. Ist Virusmaterial bereits nach einer kurzen Laufzeit nachweisbar spricht dies wahrscheinlich für eine hohe Viruslast und der ct-Wert ist gering. Ist der ct-Wert höher, beispielsweise 30, heißt dies vereinfacht gesagt, dass die Probe viele Runden durchlaufen musste, bis Virusmaterial gefunden wurde.

Bei ct-Werten über 30 lässt sich das Virus nach bisherigen Erkenntnissen schwieriger anzüchten, was für eine geringere Infektiosität dieser Patienten spricht. Der ct-Wert wird allerdings beispielsweise vom Ort der Probenentnahme, der Trasportzeit und dem verwendeten Testsystem beeinflusst, so dass er nur ein Hinweis sein kann und für sich alleine gesehen nicht aussagefähig ist.

Welche anderen Tests gibt es zum Nachweis von Corona?

Der Antigen-Test befindet sich noch in der Erprobung. Bei diesem Test wird nicht das Erbmaterial des Virus nachgewiesen, sondern Eiweißfragmente (Proteine) des Virus. Dieser Test ist schneller als ein PCR-Schnelltest. Der Antigen-Test wird höchstwahrscheinlich wie die Schnelltests nicht so zuverlässig sein wie ein Labortest. Das liegt unter anderem daran, dass sich die Coronaviren untereinander sehr ähnlich sind. Entsprechend kann es gelegentlich vorkommen, dass ein Test nicht wegen SARS-COV-2 positiv ist, sondern wegen eines anderen Coronavirus. Das macht zusätzliche Testungen notwendig.

Des weiteren gibt es auch noch Antikörpertests. Diese testen auf Antikörper. Sind diese Test positiv ist jedoch unklar ob man aktuell an Corona erkrankt ist oder ansteckend ist. Ein positives Ergebnis erscheint wenn man schon längere Zeit mit Corona infiziert ist oder nach einer Erkrankung.

Wer wird getestet?

Bitte den Link anklicken. Teststrategien können sich jederzeit ändern.

www.bundesgesundheitsministerium.de

Quellen

• Apotheken Umschau
• Quarks
• bioscientia
• correctiv
• Wikipedia TaqMan-Sonden
• Journal of Infection
• Zentrum für Humangenetik und Laboratoriumsdiagnostik (MVZ)

Häufige Irrtümer im Zusammenhang mit Corona

Portugiesisches Gericht hält PCR-Tests für unzuverlässig

Lissabon 11.11.2020
In dem Urteil wird behauptet dass PCR-Tests nicht zuverlässig seien.

Vier Deutsche reisten im August auf die Azoren und mussten mehrere Tage in Quarantäne, da eine der Personen positiv auf SARS-CoV-2 getestet wurde. Vor einem Regionalgericht klagten die Deutschen, da sie dies als Freiheitsentzug betrachteten. Die Quarantäne wurde aufgehoben da nur ein Arzt eine Person als krank oder gesundheitsgefährdend einstufen darf, nicht jedoch eine Gesundheitsbehörde. Desweiteren haben die Richterinnen behauptet der PCR-Tests sei nicht zuverlässig genug um zweifelsfrei eine Infektion mit SARS-COV-2 festzustellen. Die örtlichen Gesundheitsbehörden legten Berufung gegen das Urteil ein, doch auch das Berufungsgericht in Lissabon gab den Deutschen recht, die Gesundheitsbehörde hätte nicht über diesen Freiheitsentzug entscheiden dürfen. Zudem darf man ohne einen Rechtsbruch auch nicht festgehalten werden. Die Corona-Pandemie sei keine ausreichende Begründung, da damals noch nicht der Notstand galt, welcher Ausgangs- und Kontaktsperren beinhaltet. Die Äußerung über PCR-Tests in dem Berufungsurteil wurde allerdings von dem Obersten Justizrat Portugals kritisiert, da das Berufungsgericht seinerseits dessen Kompetenzen überschritt. So gelten PCR-Tests nach aktuellem Stand der Wissenschaft als sehr sicher. Die Richterinnen überschritten mit ihren Äußerungen zu den PCR-Tests ihre Kompetenzen – Richter dürfen sich in einem Urteil nur juristisch, eben ihrem Fachgebiet, äußern, nicht aber medizinische Allgemeinäußerungen einbringen, ohne über den aktuellen Stand der Wissenschaft und die exakten Messwerte des PCR-Tests an den Deutschen Bescheid zu wissen.

Quelle: Mimikama

allgemeine Irrtümer

Das Tragen einer Maske kann zum Tod führen.

Bisher ist weltweit kein einziger Fall bekannt, bei dem ein Mensch wegen einer Maske zu Tode kam. Das könnte daran liegen dass man eine Maske einfach abnehmen kann, wenn man bemerkt, dass sich Körper zu wenig Sauerstoff und zu viel Kohlendioxid befindet.

Kinder unter zwei Jahren haben noch keinen ausreichenden Schutzreflex und sollen keine Maske tragen. Auch Menschen, die sich ihre Maske bei Atemnot nicht eigenständig absetzen können, sollten keine Maske tragen.

Unter der Maske kann sich zwar CO2 ansammeln, aber die Menge ist so gering, dass das CO2 gut verdünnt wird und der Körper normalerweise ausreichend mit Sauerstoff versorgt wird.

Im Sommer macht Corona Pause.

Bei vielen Infektionskrankheiten, allen voran die Grippe, kommt es im Sommer zu deutlich weniger Ansteckungen, unter anderem weil die Menschen weniger Zeit im Haus verbringen und warme, feuchte Luft das Virus an der Ausbreitung hindert. Andererseits trifft Sars-CoV-2 auf eine Bevölkerung, in der noch niemand immun ist, so dass auch eine durch den Sommer gebremste Ausbreitung einen Großteil der Bewohner erfassen könnte. Der Rückgang, der in Deutschland zumindest bis Anfang Juli zu beobachten war, ist also wahrscheinlich vor allem den konsequenten Maßnahmen zur sozialen Distanzierung geschuldet, die es unbedingt weiter einzuhalten gilt.

Wer bestimmte Vitamine oder Nahrungsergänzungsmittel einnimmt, kann sich gegen Covid-19 schützen.

Das ist falsch. Dafür gibt es keine wissenschaftlichen Belege. Ein Vitaminmangel kann das Immunsystem schwächen und Krankheiten verursachen. Vitaminpräparate sollten nur eingenommen werden wenn ein Mangel besteht. Ein Überschuss an Vitamin D oder C kann beispielsweise zu Nierensteinen führen.

Wer Iboprofen nimmt, erkrankt schlimmer.

Das lässt sich nicht mit Sicherheit sagen.

Die Einnahme von Chlordioxid hilft gegen das Coronavirus.

Es ist zwar richtig dass die Chemikalie Viren inaktiviert. Chlordioxid ist aber ein industrielles Desinfektions- und Bleichmittel, das unsere Haut und Schleimhaut stark verätzen kann. Das Bundesinstitut für Risikobewertung warnt deshalb schont seit vielen Jahren vor der Einnahme.

Wer täglich Alkohol trinkt, schützt sich vor einer Infektion mit dem Coronavirus.

Das ist Unsinn. Wissenschaftliche Studien belegen, dass ein chronischer Alkoholkonsum das Immunsystem schwächt.

An Geldscheinen und Münzen kann man sich mit dem Coronavirus anstecken.

Viele Experten halten es für unwahrscheinlich, dass man sich beim Bezahlen ansteckt. Die Virenmenge an der Oberfläche reicht in den meisten Fällen nicht aus, um eine Infektion auszulösen, zumal man die Erreger mit den Händen in den Rachen transportieren müsste. Wer die empfohlene Handhygiene befolgt und sich oft und gründlich mit Seife die Hände wäscht, braucht Geldscheine und Münzen nicht fürchten.

Das Virus hält sich mehrere Tage lang auf Türklinken, Bahnsitzen und anderen Oberflächen. Auch gelieferte Pakete sollte man deshalb nur mit Handschuhen anfassen.

Die Behauptung ist übertrieben. Sars-CoV-2-Partikel überleben auf Pappe offenbar bis zu 24 Stunden. Auf Kunststoff und Edelstahl sind sie sogar zwei bis drei Tage nachweisbar. Die Virusmenge, die nach einer Verdunstung auf einer bestimmten Oberfläche zurückbleibt, reicht aus um eine Zellkultur anzustecken.

Wenn man zehn Sekunden die Luft anhalten kann ohne Beschwerden oder Husten, heißt das, man hat sich nicht angesteckt.

Dafür gibt es keine wissenschaftlichen Belege.

Auch wenn Covid-19 ohne Symptome verläuft, bleibt die Lunge langfristig geschädigt.

Grundsätzlich gilt offenbar: Je leichter der Verlauf, desto geringer ist das Risiko für Langzeitfolgen. Doch es gibt Ausnahmen: So haben Mediziner von der Universitätsklinik Innsbruck beispielsweise bei einigen Tauchsportlern, die eher mild an Covid-19 erkrankt waren, Lungenschädigungen festgestellt. Sie können ihren Sport darum wohl vorerst nicht mehr ausüben. Außerdem stellt sich immer mehr heraus, dass das Virus nicht nur die Lunge, sondern auch andere Organe langfristig schädigen kann. Wie häufig die körperliche Fitness von Covid-19-Genesenen dauerhaft beeinträchtigt ist, lässt sich derzeit nicht sagen.

Schon kurz nachdem Covid-19 überstanden ist, kann man sich erneut anstecken.

In welchem Maß und wie lange nach einer Infektion eine Immunität besteht, ist derzeit weitgehend unklar. Auch wodurch diese vermittelt wird. Die meisten Patienten scheinen nach einer Infektion recht verlässlich Antikörper zu bilden, die das Virus neutralisieren. Neuere Studien weisen aber darauf hin, dass diese schon bald nach einer Infektion im Blut nicht mehr nachweisbar sind – vor allem bei Menschen, die wenige oder gar keine Symptome hatten. Das muss aber nicht bedeuten, dass man sich schon bald darauf wieder anstecken kann. Denn Antikörper – vor allem jener Typ, auf den momentan hauptsächlich getestet wird – stellen nur eine Komponente unseres Immunsystems dar. Auch andere Moleküle und Zelltypen, zum Beispiel T-Zellen könnten eine wichtige Rolle spielen. Von anderen menschlichen Coronaviren ist bekannt, dass man sich nach ein paar Monaten erneut anstecken kann.

Das Virus schwebt mehrere Minuten lang in der Luft, bevor es sich irgendwo niederlässt.

Das ist nicht ganz korrekt. Während größere ausgehustete Tröpfchen nach wenigen Sekunden zu Boden sinken, schweben winzige Tröpfchen, so genannte Aerosole, sehr lange in der Luft. Darin enthaltene Viren bleiben, zumindest in Labortests, auch infektiös. Lange Zeit wurde eine Übertragung durch Aerosole ausgeschlossen, inzwischen wird ihnen aber immer mehr Bedeutung zugesprochen. »Der längere Aufenthalt in kleinen, schlecht oder nicht belüfteten Räumen kann die Wahrscheinlichkeit einer Übertragung durch Aerosole auch über eine größere Distanz als zwei Meter erhöhen«, warnt das RKI auf seiner Homepage.

Ein Mund-Nasen-Schutz bringt nichts.

Masken helfen andere Menschen vor Tröpfchen und Partikeln zu schützen, die man beim Sprechen, Husten oder Niesen ausstößt. Wichtig ist unter anderem dass die Nase bedeckt ist.

Auch Hunde und Katzen können mit dem Coronavirus infiziert sein. Darum sollte man sie besser nicht mehr streicheln.

Stimmt nicht. Zwar ist inzwischen bekannt, dass sich einige Tierarten mit dem Virus anstecken können, darunter Haustiere wie Katzen und Hamster. Dass die Tiere dem Virus als Rückzugsort dienen und von ihnen aus auf Menschen überspringen, halten Fachleute aber für eher unwahrscheinlich. Aus Sicht des Friedrich-Loeffler-Instituts muss der Kontakt gesunder Personen zu Haustieren nach den derzeitig verfügbaren Informationen nicht eingeschränkt werden. Es sei aber immer ratsam, grundlegende Hygieneprinzien wie Händewaschen nach Kontakt einzuhalten.

Man braucht Desinfektionsmittel, um das Virus zu zerstören.

Nicht unbedingt. Auch handelsübliche Seife macht die Viren kaputt, weil sie Tenside enthält. Diese Molekülen haben sowohl einen Wasser als auch einen Fett liebenden Teil. Mit Letzterem greifen die Tenside die empfindliche Lipidhülle der Viren an. Die Wasser liebende Seite des Moleküls wendet sich dem Wasser zu, die wir beim Waschen über unsere Hände laufen lassen. Es entstehen kugelförmige Fetttröpfchen – die Mizellen –, die sich leicht wegwaschen lassen. Wie Fett in einer Pfanne mit Spülmittel.

Das Virus kann auch über das Trink- und Abwasser übertragen werden: Darum sollte man lieber kein Leitungswasser mehr trinken.

Trinkwasser, das nach den allgemein anerkannten Regeln der Technik gewonnen, aufbereitet und verteilt werde, sei sehr gut gegen Viren geschützt, heißt es auf den Seiten des Umweltbundesamts. Einschließlich Coronaviren. Die Experten halten es nach derzeitigem Kenntnisstand für höchst unwahrscheinlich, dass sich Sars-CoV-2 über die öffentliche Trinkwasserversorgung verbreitet.

Man kann sich beim Schwimmen mit dem Coronavirus infizieren.

Zumindest theoretisch wäre das möglich. Studien belegen, dass Coronaviren widerstandsfähig genug sind, um in Wasser für einige Tage nachweisbar zu bleiben. Laut dem Umweltbundesamt ist ein direkte Übertragung von Sars-CoV-2 über das Schwimm- und Badewasser aber höchst unwahrscheinlich, zumal das Virus hier sehr stark verdünnt vorliegt und dem Wasser meistens Chlor zur Desinfektion zugesetzt wird. Ein höheres Infektionsrisiko geht davon aus, dass sich hier sehr viele Menschen versammeln und oft wenig Abstand zueinander haben.

Auch Stechmücken können das Virus übertragen.

Das ist falsch. Das Virus verbreitet sich hauptsächlich über Tröpfchen und gehört zu einer völlig anderen Familie als jene, die von Insekten übertragen werden. Mit dem Stich einer Mücke könne das Virus nach dem derzeitigen Kenntnisstand nicht in den Körper gelangen, sagte Mücken-Expertin Doreen Werner vom Leibniz-Zentrum für Agrarlandschaftsforschung gegenüber der Deutschen Presseagentur.

Rauchen oder Dampfen verschlimmert die Covid-19-Erkrankung.

Covid-19 ist noch zu neu, als dass es dazu aussagekräftige Studien gäbe.

Das Coronavirus ist mutiert. Der L-Typ ist besonders aggressiv und verbreitet sich schnell.

Korrekt ist, dass es zwei Typen gibt, S und L genannt. Auch stimmt, dass sie sich durch eine Mutation unterscheiden. Doch Mutationen verändern nicht automatisch die Eigenschaften eines Virus. Insofern ist unklar, ob der L-Typ, nur weil er weiter verbreitet ist, tatsächlich aggressiver ist als der S-Typ. Ebenso ob er sich schneller verbreitet. »Einer dieser Zweige kann rein zufällig größer sein als der andere«, sagt beispielsweise der Evolutionsbiologe Andrew Rambaut von der University of Edinburgh.

Der Krankheitserreger Sars-CoV-2 ist schon lange bekannt.

Sars-CoV-2 ist ein neues Virus, das zu der Familie der Coronaviren gehört. Die Familie der Coronaviren ist seit Mitte der 1960er Jahre bekannt.

Forscher haben Sars-CoV-2 künstlich im Labor geschaffen.

Das ist ein Mythos. Erbgutanalysen zeigen: Das Virus Sars-CoV-2 ist über natürliche Mutation und Selektion entstanden, wie unabhängige Forscher in der Fachzeitschrift »Nature« berichten.

Kein Virus, sondern das 5G-Netz hat die Pandemie ausgelöst.

Rasch verbreitet hat sich das Gerücht, 5G-Wellen würden zu grippeähnlichen Symptomen und einem Zellabbau führend. Auf Grund seiner vollständigen 5G-Abdeckung sei die Gegend um Wuhan darum besonders stark betroffen, geht der Mythos weiter. Das Bundesamt für Strahlenschutz widerlegt dies: In einer E-Mail an das Recherchezentrum CORRECTIV schreibt es: »5G verursacht weder Zellabbau noch grippeähnliche Symptome. 5G kann (wie alle Felder von Mobilfunksendeanlagen, also auch 2G, 3G, 4G) höchstens eine geringfügige, nicht wahrnehmbare Erwärmung verursachen, die sich vor allem auf die Körperoberfläche beschränkt.« 

Quelle: spektrum.de (teilweise gekürzt)

RNA-Aufbau

Der RNA-Code des Coronavirus SARS-CoV-2 hat eine Länge von 29.903 Nukleotiden. Der Code beginnt mit einem nichttranslatierten Bereich mit der Bezeichnung 5'UTR und endet mit dem nichttranslatierten Bereich 3'UTR. Die Zahlen 3 und 5 beziehen sich auf die Nummer des Kohlenstoffatoms innerhalb der Pentose (5-fach-Zucker) in diesem Fall Ribose da es sich um RNA handelt. Ein Nukleosid besteht aus einer Pentose und einer Nukleobase. Ein Nukleotid hat am 5'-Ende einen Phosphatrest. Dieser Phosphatrest verbindet sich dann mit dem 3'-Ende der RNA. In RNA gibt es die 4 Nukleinbasen Adenin, Cytosin, Guanin und Uracil. Bestandteil von 3'UTR ist ein Poly(A)-Schwanz dieser ist eine Kette aus Adenin-Nukleotiden.

Die Abkürzung ORF steht für offener Leserahmen. Ein offener Leserahmen beginnt mit einem Start-Codon und endet mit einem Stop-Codon. 3 Nukleobasen werden jeweils zu 1 Codon zusammengefasst. Das Start-Codon entspricht der Aminosäure Methionin die Stop-Codons entsprechen keiner Aminosäure. Aus mehreren Aminosäuren entstehen Proteine. Aus dem RNA-Code können 20 verschiedene Aminosäuren übersetzt werden. Bis auf wenigen Ausnahmen werden den Aminosäuren mehrere Codes zugewiesen.

Die Abkürzung nsp steht für Nichtstrukturprotein. Diese werden innerhalb der Virionen nicht dringend benötigt und fehlen auch manchmal weil ja der Bauplan in der RNA vorhanden ist. Es kann also vorkommen dass man in der menschlichen Zelle etwas findet was in den Virionen fehlt.

Aufgund der Länge der RNA sind 3 Fehler pro Kopie nicht ungewöhnlich. Diese Fehler werden jedoch meistens erfolgreich korrigiert.

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome vollständige Gensequenz mit allen Proteinsequenzen und im Anschluss die vollständige Nukleotidsequenz. Anstelle des u wird hier ein t verwendet. Beides führt zur selben Übersetzung jedoch kommt t in DNA vor und u in RNA. Es gibt nur 2 Unterschiede und zwar t hat einen Methyl-rest den u nicht hat und es wird ein anderer Zucker verwendet.

Proteinlängen einiger Coronaviren in Anzahl der Aminosäuren

weitere Details zu ausgewählten Viren

Mutationen

Punktmutationen

Punktmutationen sind Mutationen bei der eine Base gegen eine andere Base ersetzt wird. Man unterscheidet zwischen Transition und Transversion. Bei einer Transition wird entweder eine Purinbase gegen eine ander Purinbase oder eine Pyrimidinbase gegen eine andere Pyrimidinbase ausgetauscht. Adenin und Guanin sind Purinbasen. Cytosin, Uracil und Thymin sind Pyrimidinbasen. Bei einer Transversion wird eine Purinbase gegen eine Pyrimidinbase ersetzt oder anders herum. Transitionen sind häufiger als Transversionen. Am häufigsten wird Cytosin in Thymin verwandelt. Mutationen von c nach t sind häufiger als von t nach c, ebenfalls sind Mutationen von a nach g häufiger als von g nach a. Das liegt an Methylierung und anschließender Desaminierung.

Mutationsverhalten vom Helicase-Protein (nsp13)

Das Helicase-Protein verhält sich wie vermutlich andere Proteine auch ein wenig auffällig. Es kann vollgestopft sein mit synonymen Mutationen. Das heißt der Code verändert sich aber das Ergebnis bleibt das Selbe.

Vergleich unterschiedlicher Helicaseproteine

Dieses Bild zeigt einen aus Aminosäuren abgeleiteten Stammbaum vom Helicase-Protein (nsp13).

Die nachfolgende Tabelle behandelt ausschließlich die Verbindungslinien im oben abgebildeten Stammbaum. Die Linie unten rechts die zu RacCS203 führt wurde weggelassen weil nur ein einzelnes Codon verändert wurde.

Die nachfolgende Tabelle behandelt mehr oder weniger willkürliche Vergleiche. Die nachfolgende Tabelle berücksichtigt keine Deletionen.

Die nachfolgende Tabelle enthält die Viren die oben verglichen werden.

Bei dem Vergleich der Helikaseproteine von civet007 und civet020 findet man eine Transition die eine nichtsynonyme Mutation verursacht. Wenn man civet007 mit SARS Tor2 vergleicht findet man eine Transversion die für eine nichtsynonyme Mutation verantwortlich ist.

abschließende Worte

Auffällig ist das sehr unterschiedliche Verhältnis zwischen Transitionen und Transversionen. Da nahe Verwandte meistens ein hohes Verhältnis haben kann man wohl davon ausgehen dass hohe Werte den Fledermäusen zuzuordnen sind. Die entferntesten Verwandten, denen ich eine Ansteckung von Fledermaus zu Fledermaus zutraue, sind derzeit RhGB01 und Khosta-2. Die Fundorte der beiden Viren liegen etwas mehr als 3.000 Kilometer auseinander. Ein möglicher gemeinsamer Vorfahre könnte vor etwa 40 Jahren gelebt haben.

Sollte das Verhältnis zwischen Transitionen uns Transversionen deutlich unterhalb von 6:1 liegen kann es daran liegen, dass die Gesamtzahl niedrig ist und schon geringfügige Abweichungen eine große Auswirkung auf das Ergebnis hat. Allgemein würde ich jedoch sagen je niedriger das Verhältnis desto Wahrscheinlicher ist es dass der gemeinsame Vorfahre nicht in einer Fledermaus gelebt hat.

Bei sehr weit entfernten Verwandten, die weniger als 80% Ähnlichkeit in den Nukleotiden haben, ist das Verhältnis zwischen Transitionen und Transversionen möglicherweise weniger aussagekräftig, weil Nukleotide mehr als einmal sich verändern können. 6 Transitionen und 1 Transversion sehen wie eine Transversion aus wenn immer wieder das selbe Nukleotid von den Veränderungen betroffen ist.

Dinukleotide

Dinukleotide sind 2 aufeinander folgende Nukleotide. Bei der Namensgebung wird das verbindende Phosphat mit angegeben um Verwechslungen zu vermeiden. Man darf das p auch weglassen. Allerdings werden die Bezeichnungen CG und AT auch für zwei gegenüberliegende Nukleotide in DNA- und doppelsträngigen RNA-Strängen verwendet. Um die Häufigkeit von Dinukleotiden zu errechnen multipliziert man die Häufigkeiten (n%/100%) der beiden Einzelnukleotide, hierdurch erhält man einen Wert der einer relativen Häufigkeit in Höhe von 1 entspricht. Durch Methylierung und anschließender Mutation und auf andere Weise auftretende Mutationen verändert sich das Verhältnis der Dinukleotide da unter anderem CpG sehr häufig mutiert. Betrachtet man die relative Häufigkeit der Dinukleotide fällt auf dass Corona kein durchschnittliches Coronavirus ist. Corona und seine nächsten Verwandten haben extrem niedrige CpG-Werte im Vergleich zu anderen Coronaviren. Aber auch andere Dinucleotide stellen neue Grenzwerte für die Coronaviren bereit.

Da hier nur 1803 Nukleotide ausgewertet wurden passen die Zahlen häufig nicht zum Gesamtgenom. Die relative Häufigkeit von CpG im Gesamtgenom beträgt bei Corona 0,41, RaTG13 0,41, MP789 0,39, SARS 0,46, PrC31 0,44, WIV16 0,47, OC43 0,48, MERS 0,56.

Auffälligkeiten

Detaillierter Vergleich zwischen den Helikase-Proteinen von SARS Tor2 und BatCoV Rs806/2006.

Mutationsverhalten von Coronaviren in Fledermäusen

Um das Mutationsverhalten von Coronaviren in von Fledermäusen besser zu verstehen, habe ich 2 Viren miteinander verglichen, die der selben Krankheit angehören und in einem Abstand von etwa einem Jahr und 8 Monaten gesammelt wurden. Ich habe die ältere Variante als Referenzsequenz auserwählt.

• In der Variante aus Uganda fehlt eine Amminosäure im Spikeprotein das entspricht 3 Nukleotiden. In der Tabelle stehen die Werte die für die Variante aus Ruanda gelten.

Mutationen in ORF1ab

Nachfolgende Mutationen befinden sich im Polyprotein ORF1ab

c825t, t1281c, c1313t, t1319c, c1320t, g1359c, c1404t, c1446t, t1494c, c1620t, c1710t, t1763c, t1774g, t1782c, a1799g, a1881t, c1899t, t1932c, t1961c, t1968c, t2002c, c2034t, c2036t, a2129g, a2136g, t2139a, c2208t, t2268c, g2349t, g2361a, c2388t, a2391t, g2403a, c2412t, t2458c, g2463a, a2490c, a2535g, a2607g, t2610g, a2916g, g3057t, t3069g, g3228a, g3333a, c3349t, t3675g, c3708t, t3714g, a3725g, c3791a, a3823g, t3925c, g3939a, c3999t, g4003a, c4260t, g4305a, a4720g, c5421t, a5474c, c5655t, c5724t, t5770c, c5883t, c6179t, c6332t, c6507t, a6522g, t6555c, c6796a, c6831t, t6857c, g6898t, c6912t, t6955c, a7005g, t7017c, c7087t, t7131c, c7134t, g7140a, t7179c, t7203c, c7272t, c7293t, c7326t, c7356t, c7431t, c7652t, c7699t, g7791a, g7836a, a8203g, c8819t, t9003c, c9159t, t9420c, c9498t, t10236c, c10581t, t10596c, a10846g, a11280g, t11457c, c11602t, c11628t, c11727t, c12051t, c12180t, c12451t, c12969t, c13914t, c14672t, g16076a, t16505c, t17177g, c17189t, t17279c, t17438a, c17636t, g17747a, c17768t, t18116c, c18164t, c18443t, a18530g, c18596t, g18629a, c18677t, t18866c, g18874a, a18941g, t19070c, t19128c, g19163a, c19196t, t19223g, t19235c, c19439t, c19449t, c19532t, t19544c, a19578c, t19588c, t19616c, t19976a, t19698c, a19854g, t19868c, t20006c, c20072t, c20201t, t20226c, c20252t, a20495g, c20519t, a20540t, t20574c, c20612t, c20705t, a20741g, g20747a, a20762g, g20771a, t20783c, t20816c, t20921c, t21116c, c21167t, c21377t

ORF1ab: H165Y, A351V, V353A, L501S, S505A, K513R, M567T, T592I, N623S, E743D, H1030Y, N1138K, D1151E, K1155R, T1177K, M1188V, V1248I, A1274T, I1487V, N1738T, S1973F, A2024V, L2179I, I2199T, V2213F, T2464I, S2853F, I3529V, R6205Q, V6385A, I6474V

Häufigkeit der Mutationen

Erkenntnisse

• Es wird häufiger c in t verwandelt als t in c.
• Es wird häufiger a in g verwandelt als g in a.
• Das sind normale Alterserscheinungen die unter Mitwirkung von Methyltransferasen entstehen. Die Methylierung selbst ist noch keine Mutation sondern eine Modifikation.
• In ORF1ab sind 172 Mutationen vorhanden.
• Es gibt 150 Transitionen und 22 Transversionen.
• Das Verhältnis Transitionen zu Transversionen beträgt im Polyprotein 1ab 6,82:1.

Rekombinationsereignisse

Ich fand zufällig zwei Viren die im Abstand von 7 Jahren gesammelt wurden und gleich 2 identische Gensequenzabschnitte aufweisen. Die Länge dieser komplett identischen Genabschnitte beträgt 748 und 647 Nukleotide. Nach 7 Jahren würde ich eigentlich nicht so auffällig lange komplett identische Sequenzen erwarten. Ich würde da eher sowas wie 99 bis 99,5% Ähnlichkeit erwarten. Ebenfalls identisch sind die letzten 339 Nukleotide. Den Poly-A-Schwanz habe ich nicht mitgezählt da dieser unterschiedliche Längen hat.

KU973692.1 UNVERIFIED: SARS-related coronavirus isolate F46, complete genome

• Wirt: Fledermaus
• Fundort: China
• Zeitpunkt der Probenentnahme: 2012

MZ081379.1 Betacoronavirus sp. RsYN03 strain bat/Yunnan/RsYN03/2019, complete genome

• Wirt: Rhinolophus sinicus
• Fundort: 21.9189 N 101.2716 E
• Zeitpunkt der Probenentnahme: 22-Oct-2019

Überraschenderweise habe ich zwei weitere identische Sequenzen in einem Virus von 2012 gefunden. Diese sind 461 und 401 Nukleotide lang.

KY417145.1 Bat SARS-like coronavirus isolate Rf4092, complete genome

• Wirt: Rhinilophus ferrumequinum
• Fundort: China
• Zeitpunkt der Probenentnahme: 18-Sep-2012

RaTG13 und BANAL-20-52/Laos/2020

Heute habe ich ein weiteres Rekombinationsereignis entdeckt. Diesmal handelt es sich um 2 nahe verwandte von Corona.

RaTG13 (26098..26510)
BANAL-20-52/Laos/2020 (26050..26462)

Dieser Bereich hat eine Länge von 413 Nukleotiden und umfasst vollständig das Envelope-Protein. Corona hat in diesem Bereich 2 Abweichungen. RacCS203 hat in diesem Abschnitt 7 Abweichungen.

Der Altersunterschied beträgt etwa 7 Jahre. Das Spike-Protein hat 28 nichtsynonyme Mutationen von denen sich 21 in der Rezeptorbindungsdomäne (RBD) befinden. Es sind keine Deletionen im Spike-Protein vorhanden. Um herauszufinden ob das viel ist habe ich die Spikeproteine von CoVZC45 (Feb. 2017) und HN2021A (Feb. 2021) verglichen. Da gibt es nach 4 Jahren nur 10 nichtsynonyme Mutationen. Davon befinden sich 3 in der RBD.

sonstige

Die nachfolgenden Viren sind keine nahen verwandten von SARS oder Corona und wurden auch nicht in Fledermäusen gefunden, deshalb habe ich hier die Überschrift sonstige gewählt.

EU186072.1 (12.352..12.666) Feline coronavirus isolate Black / USA 1970er
MG893511.1 (12.361..12.675) Feline coronavirus isolate Felix / Deutschland 2012

In zwei Katzen auf zwei unterschiedlichen Kontinenten die sich im Abstand von etwa 40 Jahren infiziert haben fand ich 315 aufeinanderfolgende identische Nukleotide.

Zusammenfassung

Ihr möchtet sicherlich alle wissen ob Corona ein Laborvirus ist. Das möchte ich auch wissen. Bisher konnte ich noch nicht zu eindeutigen Ergebnis kommen. Bisher fand ich heraus, dass das Mutationsverhalten von Viren nicht immer gleich ist und somit möglicherweise vom Wirt abhängig ist. In der Omikron-Variante fand ich 45 Punktmutationen in proteinogenen Bereichen, davon befanden sich 14 an Position 1 eines Codons, 18 an Position 2 und 13 am Ende des Codons. Es liegt also eine einigermaßen gleichmäßige Verteilung vor. In Fledermausviren hingegen befinden sich die meisten Punktmutationen am Ende eines Codons, das können mehr als 90% sein. Der Rest befindet sich dann überwiegend am Anfang während Mutationen in der Mitte eher Ausnahmen sind. An dieser Stelle möchte ich noch darauf hinweisen dass ich üblicherweise nicht das komplette Virus mit einem anderen vergleiche, da das sehr zeitaufwendig sein kann. Daher nehme ich eher Stichproben und vergleiche nur die Helicaseproteine, das kann man auf jeden Fall an einem Tag schaffen. Ich habe mich ganz bewusst für das Helicaseprotein entschieden, da ich das neuartige Coronavirus SARS-COV-2 als erstes mit SARS Tor2 verglichen habe. Um Zeit zu sparen habe ich erstmal nur die Proteine miteinander verglichen und fand ein Protein das nur eine einzige Mutation hatte und hielt Corona natürlich sofort für einen Hybrid. Als ich mir dann die Nukleotide anschaute fand ich mehr als 200 synonyme Mutationen. Ich dachte mir wenn es so schwer ist da eine Mutation rein zu bekommen muss es ja auch irgendwo ein komplett identisches Helicaseprotein geben. Die Suche dauerte eine Ewigkeit denn selbst nahe Verwandte hatten immer ein Protein das anders war. Es dauerte vermutlich über ein Jahr bis ich endlich in Laos identische Helicaseproteine fand.

Bei nah verwandten Viren und manchmal auch entfernt Verwandte in der selben Fledermausart z.B. RhGB01 und Khosta-2 ist das Verhältnis zwischen Transitionen und Transversionen auffällig hoch und liegt meistens bei etwa 7:1. Es manchen Vergleichen stellt man ein eher niedriges Verhältnis fest, diese waren dann vermutlich vorher in einem anderen Wirt oder sind schon so oft mutiert dass nicht mehr nachvollziehbar ist wie oft ein einzelnes Nukleotid ausgetauscht wurde. Wenn auf eine Transversion eine oder mehrere Transitionen folgen und immer das selbe Nukleotid betroffen ist sieht immer noch wie eine Transversion aus. Wenn nahe Verwandte ein niedriges Verhältnis zwischen Transitionen und Transversionen aufweisen deutet dies vermutlich eher darauf hin dass die Mutationen, oder zumindestens nicht alle, nicht von einer Fledermaus stammen.