Benutzer Diskussion:Roland

Mutationsverhalten von Coronaviren in Fledermäusen

Um das Mutationsverhalten von Coronaviren in von Fledermäusen besser zu verstehen, habe ich 2 Viren miteinander verglichen, die der selben Krankheit angehören und in einem Abstand von etwa einem Jahr und 8 Monaten gesammelt wurden. Ich habe die ältere Variante als Referenzsequenz auserwählt.

Genbank	Name	Fundort	Datum	Länge (nt)
MT726045.1	PREDICT/PRD-0038/AABSMF	Ruanda	27.09.2011	29246
MT726044.1	PREDICT/PDF-2370/OTBA35RSV	Uganda	30.05.2013	29243

Protein	Länge aa	Länge nt	Mutationen aa	Mutationen nt	Ähnlichkeit aa	Ähnlichkeit nt
nsp1	180	540	1	1	99,44	99,81
nsp2	638	1914	8	40	98,75	97,91
nsp3	1898	5694	16	54	99,16	99,05
nsp4	500	1500	1	5	99,80	99,67
nsp5	306	918	0	3	100	99,67
nsp6	290	870	1	5	99,66	99,43
nsp7	83	249	0	1	100	99,60
nsp8	198	594	0	3	100	99,44
nsp9	113	339	0	0	100	100
nsp10	139	417	0	1	100	99,76
nsp12	932	2795	0	3	100	99,89
nsp13	601	1803	0	8	100	99,56
nsp14	527	1581	1	18	99,81	98,86
nsp15	346	1038	2	15	99,42	98,55
nsp16	298	894	0	15	100	98,32
ORF1ab	7049	21149	30	172	99,86	99,19
Spike	1256*	3768*	7		99,44
ORF3	270	810	0		100
E	76	228	0		100
M	221	663	0		100
ORF6	64	192	0		100
ORF7a	118	354	1		99,15
ORF7b	43	129	1		97,67
N	414	1442	8		98,07
Summe	9511*	29246*	47		99,51

• In der Variante aus Uganda fehlt eine Amminosäure im Spikeprotein das entspricht 3 Nukleotiden. In der Tabelle stehen die Werte die für die Variante aus Ruanda gelten.

Mutationen in ORF1ab

Nachfolgende Mutationen befinden sich im Polyprotein ORF1ab

c825t, t1281c, c1313t, t1319c, c1320t, g1359c, c1404t, c1446t, t1494c, c1620t, c1710t, t1763c, t1774g, t1782c, a1799g, a1881t, c1899t, t1932c, t1961c, t1968c, t2002c, c2034t, c2036t, a2129g, a2136g, t2139a, c2208t, t2268c, g2349t, g2361a, c2388t, a2391t, g2403a, c2412t, t2458c, g2463a, a2490c, a2535g, a2607g, t2610g, a2916g, g3057t, t3069g, g3228a, g3333a, c3349t, t3675g, c3708t, t3714g, a3725g, c3791a, a3823g, t3925c, g3939a, c3999t, g4003a, c4260t, g4305a, a4720g, c5421t, a5474c, c5655t, c5724t, t5770c, c5883t, c6179t, c6332t, c6507t, a6522g, t6555c, c6796a, c6831t, t6857c, g6898t, c6912t, t6955c, a7005g, t7017c, c7087t, t7131c, c7134t, g7140a, t7179c, t7203c, c7272t, c7293t, c7326t, c7356t, c7431t, c7652t, c7699t, g7791a, g7836a, a8203g, c8819t, t9003c, c9159t, t9420c, c9498t, t10236c, c10581t, t10596c, a10846g, a11280g, t11457c, c11602t, c11628t, c11727t, c12051t, c12180t, c12451t, c12969t, c13914t, c14672t, g16076a, t16505c, t17177g, c17189t, t17279c, t17438a, c17636t, g17747a, c17768t, t18116c, c18164t, c18443t, a18530g, c18596t, g18629a, c18677t, t18866c, g18874a, a18941g, t19070c, t19128c, g19163a, c19196t, t19223g, t19235c, c19439t, c19449t, c19532t, t19544c, a19578c, t19588c, t19616c, t19976a, t19698c, a19854g, t19868c, t20006c, c20072t, c20201t, t20226c, c20252t, a20495g, c20519t, a20540t, t20574c, c20612t, c20705t, a20741g, g20747a, a20762g, g20771a, t20783c, t20816c, t20921c, t21116c, c21167t, c21377t

ORF1ab: H165Y, A351V, V353A, L501S, S505A, K513R, M567T, T592I, N623S, E743D, H1030Y, N1138K, D1151E, K1155R, T1177K, M1188V, V1248I, A1274T, I1487V, N1738T, S1973F, A2024V, L2179I, I2199T, V2213F, T2464I, S2853F, I3529V, R6205Q, V6385A, I6474V

Häufigkeit der Mutationen

c --> t	68
t --> c	44
a --> g	20
g --> a	18
t --> g	7
g --> t	3
a --> t	3
t --> a	3
a --> c	3
c --> a	2
g --> c	1
c --> g	0

Erkenntnisse

• Es wird häufiger c in t verwandelt als t in c.
• Es wird häufiger a in g verwandelt als g in a.
• Das sind normale Alterserscheinungen die unter Mitwirkung von Methyltransferasen entstehen. Die Methylierung selbst ist noch keine Mutation sondern eine Modifikation.
• In ORF1ab sind 172 Mutationen vorhanden.
• Es gibt 150 Transitionen und 22 Transversionen.
• Das Verhältnis Transitionen zu Transversionen beträgt 6,82:1.
• Ich gehe davon aus dass die Transversionen virusspezifisch sind da sich im Gencode des Virus eine "Werkstatt" befindet die manchmal Fehler verursacht. Die Transitionen sind vermutlich wirtsspezifisch da jeder Wirt seine eigenen Methyltransferasen besitzt die unterschiedlich stark aktiv sein können. Da das Verhältnis Transitionen zu Transversionen auffällig hoch ist gehe ich davon aus dass Coronaviren in Fledermäusen auffällig schnell mutieren können.